Qu’est-ce que c’est ?

Microbiote ce mot vient du grec micro et biote. On pourrait traduire en « petits êtres vivants ». Il a été appelé flore à une époque où les bactéries étaient classées parmi les végétaux mais ce n’est plus le cas.

C’est un ensemble hétérogène de micro-organismes qui vivent sur nous et à l’intérieur de nous. Ils sont présents au niveau de tous les épithéliums : la peau (aisselles, nombril, pieds, oreilles…), le système digestif (de la bouche jusqu’au colon), le vagin, les poumons, le nez, les yeux. Et bien sûr, à chaque milieu correspond une population de microbes spécifiques. Les bactéries qui vivent dans le nombril ne sont pas les mêmes que celles qui vivent sous les aisselles ou dans le vagin.

Le microbiote c’est une combinaison :

  • De bactéries,
  • De virus de bactérie ou bactériophages,
  • De virus humains,
  • D’archées anciennement appelées archéobactéries parce qu’elles ressemblent aux bactéries mais en fait elles sont différentes. Ces microorganismes aiment vivre dans les milieux extrêmes (hyperthermophiles, acidophiles, barophiles, halophiles, cryophiles…)
  • De champignons comme candida albicans, saccharomyces,
  • De protozoaires (organisme unicellulaires approchant le millimètre pour les plus gros, exemple oxyures, amibes)

Le microbiote intestinal contient 1014 bactéries soit 10 fois plus que de cellules dans notre corps. Autrement dit, notre corps est composé à 10% seulement de cellules humaines. Ces bactéries qui vivent dans notre intestin contiennent 3,3 millions de gènes (150 fois plus de gènes que le génome humain).

1g d’excrément contient plus de bactéries qu’il n’y a d’êtres humains sur terre.

Les études de composition du microbiote intestinal ont mis en évidence 3 types de population bactériennes particulières.

  1. L’enterotype bacteroïdes est associé à un régime riche en protéines et en graisse animales
  2. L’enterotype prevotella est associé à un régime riche en carbohydrates
  3. L’enterotype ruminococcus est associé aussi à un régime riche en carbohydrates

La composition du microbiote peut subir des changements en 24h lorsque le régime alimentaire est modifié, mais l’entérotype reste stable même si l’abondance relative des différentes espèces peut varier considérablement. On parle de microbiote dominant, microbiote sous-dominant et de microbiote de passage pour la fraction bactérienne la plus variable. L’entérotype est défini par le mode d’alimentation sur le long terme, et les souches communes sont partagées entre les membres d’une même famille. Les premières souches qui colonisent notre intestin y exercent des effets physiologiques et métaboliques pendant toute notre vie. Un enfant né par voie basse est colonisé en priorité par les germes du vagin (lactobacilles), alors qu’un enfant né par césarienne est colonisé d’abord par les germes de la peau de la mère (staphylocoques). L’allaitement maternel a aussi une influence sur la composition du microbiote car il favorise l’installation et la prédominance des bifidobactéries. Le microbiote se stabilise vers 2 ou 3 ans (parallèlement à la maturation du système immunitaire) mais il évolue au cours de notre vie : du nourrisson au jeune adulte puis au centenaire.

Contrairement aux groupes sanguins qui ne changent pas au cours de la vie, le microbiote évolue mais son noyau central constitué de colonisateurs permanents évolue peu.

Quelques rôles du microbiote

  • Influence le développement du cerveau et améliore la gestion du stress. Des souris placées dans une situation stressante, ont une plus grande concentration sanguine en hormones de stress quand elles n’ont pas de microbiote ;
  • Permet la maturation du système immunitaire et inhibe les réactions allergiques. Un animal dénué de microbiote a un système immunitaire immature et dysfonctionnel ;
  • Empêche la colonisation de l’intestin par des bactéries pathogènes grâce à un phénomène de compétition et en libérant des substances bactéricides ;
  • Participe à la synthèse de vitamines et produit des acides gras à chaines courtes (AGCC) qui sont une source d’énergie pour les cellules du colon, les reins et les muscles. Ils inhibent la prolifération des cellules cancéreuses du colon, améliorent l’étanchéité de la paroi des intestins, diminuent l’inflammation intestinale etc. ;
  • Facilite l’assimilation des nutriments grâce à un ensemble d’enzymes dont notre organisme n’est pas pourvu ;
  • Détruit des toxines et des médicaments ;
  • Modifie l’absorption des acides gras, du calcium, du magnésium ;
  • Augmente la solidité des os.

 

Les ennemis des microbiotes

  • Une alimentation pauvre en fibres
  • Les protéines du lait
  • Les médicaments (antibiotiques, antiacides, antifungique, corticostéroïdes …)
  • Le sucre et les édulcorants nourrissent les bactéries intestinales pathogènes et perturbent l’équilibre microbien
  • Le tabac,
  • La fatigue,
  • Le stress,
  • Une hygiène excessive ou inadaptée : L’usage intensif de savon et du gel hydroalcoolique provoque une hécatombe des espèces bactériennes, favorisant ainsi la prolifération des levures et des champignons genre candida.

La dysbiose, c’est l’altération qualitative et fonctionnelle de la flore intestinale. Quand le microbiote va mal, notre santé aussi !

Cultiver et embellir notre jardin intérieur

La diversité du microbiote est corrélée à celle des aliments consommés. Une alimentation riche en fruits et légumes, apporte une grande variété de fibres prébiotiques, source de nourriture pour nos bactéries. En effet, certaines fibres ou sucres complexes ne sont pas digérés par nos enzymes ce sont les prébiotiques :

  • Les amidons résistants (châtaignes, haricots blancs, banane…)
  • Les fructanes (ail, chicoré, pissenlit…)
  • Les béta-glucanes (orge, avoine, shiitaké…)
  • Les fibres (amande, cacahuètes, châtaigne, chia…)
  • Les polyphénols (cacao, curcuma, muscade…)

Ce n’est pas si simple d’inviter chez soi les bonnes bactéries car elles doivent se plaire sur leur lieu de travail : climat, cuisine servie…

 

 

Sources

Dossier pour la science n°95 : INTESTIN L’organe qui révolutionne la médecine

http://acces.ens-lyon.fr/acces/thematiques/immunite-et-vaccination/ressources-logicielles/college/un-modele-de-microbiote-intestinal-1/pdf/ebook-le-microbiote-intestinal1.pdf

https://www.inserm.fr/information-en-sante/dossiers-information/microbiote-intestinal-flore-intestinale

https://www.passeportsante.net/fr/Communaute/Blogue/Fiche.aspx?doc=microbiote_intestinal_medoucine